Agnes, una joven sordomuda de familia adinerada, encuentra su propósito en la Casa de las Hermanas de la Caridad, siguiendo el ejemplo de la Madre Teresa de Calcuta. Tras ayudar a una mujer embarazada en peligro, decide tomar los votos religiosos, pero su madre Sofía se opone rotundamente. Cuando Agnes se prepara para partir en una misión, Sofía sufre un grave accidente de tránsito. Mientras los médicos luchan por salvarla, Agnes reza fervorosamente a la Madre Teresa. Inexplicablemente, Sofía se recupera rápidamente, lo que algunos consideran un milagro. Finalmente, madre e hija se reconcilian, y Agnes recibe la bendición de su madre para seguir su vocación.

La doctora Ana Teresa Colmenares, una reconocida neuróloga escéptica, es contactada por el Vaticano para investigar un posible milagro atribuido a Juan Pablo II: la inexplicable curación de una monja con Parkinson avanzado. A pesar de sus dudas, acepta el encargo y examina las pruebas médicas, que desafían toda lógica científica. Mientras enfrenta la presión de la Iglesia y revive el dolor por la muerte de su hijo, Ana Teresa se ve obligada a cuestionar sus creencias. Finalmente, su informe confirma el milagro, permitiendo la beatificación del Papa. En el proceso, ella redescubre la posibilidad de la fe.

El hermano Cristóbal organiza una obra sobre Don Bosco para un barrio humilde, pese a la oposición del colegio. Yara, una joven desesperada, lo asalta y apuñala, pero él sobrevive y decide no delatarla. Poco después, intentan asesinarla, pero un libro que Cristóbal le regaló detiene una bala. Su abuela es herida y, al borde de la muerte, Yara promete cambiar si ella sobrevive. Milagrosamente, la anciana se recupera sin explicación médica. Yara es liberada con el apoyo de los salesianos, mientras el Vaticano investiga el caso como un posible milagro.

Miguel, un joven novicio en un convento capuchino, comienza a manifestar los estigmas de Cristo, lo que genera revuelo dentro y fuera de la comunidad religiosa. Mientras algunos lo ven como un milagro asociado al Padre Pío, la doctora Inés Belgrano, enviada por el Vaticano, busca probar que todo es un fraude. Sin embargo, cada herida en el cuerpo de Miguel coincide con eventos inexplicables, incluyendo sanaciones y revelaciones de hechos desconocidos. Mientras la fe y la ciencia se enfrentan, Inés descubre que un niño llamado Franche, quien la guió en su investigación, nunca existió y su imagen coincide con la infancia del Padre Pío. Finalmente, ella acepta que ha sido testigo de un milagro, transformando su escepticismo en asombro.